જાહેર ડેટા વિશ્લેષણ
SARS-CoV-2 વંશ પરનો ડેટા અને ચિલીમાંથી ઉપલબ્ધ સિક્વન્સમાંથી નમૂના લેવામાં આવ્યો તે તારીખ અહીં ઉપલબ્ધ Consorcio Genomas CoV2 સાઇટ પરથી મેળવવામાં આવ્યો હતો. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. રસીકરણ ડેટા વિજ્ઞાન, ટેક્નોલોજી, નોલેજ અને ઈનોવેશન મંત્રાલયના જાહેર ડેટામાંથી મેળવવામાં આવ્યો હતો. https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (ઉત્પાદન 83).
ઇન્ફેક્ટિવિટી પરખ
અમે અગાઉ વર્ણવ્યા મુજબ વિવિધ SARS-CoV-2 સ્પાઇક પ્રોટીન વહન કરતા સ્યુડોટાઇપ વાયરસ તૈયાર કરવામાં આવ્યા હતા.12. સંક્ષિપ્તમાં, HIV-1-આધારિત SARS-CoV-2 સ્યુડોટાઇપ્સ HEK293T કોષોમાં pNL4.3-ΔEnv-Luc ને અનુરૂપ pCDNA-SARS-CoV-2 સ્પાઇક કોડિંગ વેક્ટર સાથે 1:1 મોલર રેશિયોમાં ટ્રાન્સફેક્ટ કરીને ઉત્પન્ન કરવામાં આવ્યા હતા. પ્લાઝમિડ્સ કોડન-ઑપ્ટિમાઇઝ્ડ સ્પાઇકને કોડિંગ કરે છે જેમાં સી-ટર્મિનલ એન્ડ (SΔ19) ના છેલ્લા 19 એમિનો એસિડનો અભાવ હોય છે જે એન્ડોપ્લાઝમિક રેટિક્યુલમ પર રીટેન્શન ટાળવા માટે જાણીતા છે.12 જનીન સંશ્લેષણ અથવા વૈવિધ્યપૂર્ણ સાઇટ-નિર્દેશિત મ્યુટાજેનેસિસ (જીનસ્ક્રિપ્ટ) દ્વારા મેળવવામાં આવ્યા હતા અને તેમાં નીચેના પરિવર્તનો હતા: વંશ A (સંદર્ભ ક્રમ), વંશ B (D614G), વંશ B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), વંશ P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027, Δ37) રેખા 75- 76, L246Q, F252S, D452G, T490N). દરેક સ્યુડોટાઇપ તૈયારીને ઓરડાના તાપમાને 614 rpm પર સેન્ટ્રીફ્યુગેશન દ્વારા સાફ કરવામાં આવી હતી, HIV-859 Gag p3,000 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems), 1% ફેટલ બોવાઇન સીરમ (સિગ્મા-એલ્ડ્રિચ) માં અલિકોટેડ અને -24 ° સે સુધી સંગ્રહિત કરવામાં આવી હતી. વાપરવુ. HEK-ACE50 કોષોને સંક્રમિત કરવા માટે સ્યુડોટાઇપ્ડ વાઇરસની વિવિધ માત્રા (એચઆઇવી-80 p1 પ્રોટીનના સ્તરો દ્વારા નિર્ધારિત)નો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો અને 24 કલાક પછી, ગ્લોમેક્સ 2 માઇક્રોપ્લેટમાં લ્યુસિફેરેસ એસે રીએજન્ટ (પ્રોમેગા) નો ઉપયોગ કરીને ફાયરફ્લાય લ્યુસિફેરેસ પ્રવૃત્તિ માપવામાં આવી હતી. લ્યુમિનોમીટર (પ્રોમેગા).
તટસ્થકરણ પરખ
સ્યુડોટાઇપ વાઇરસ ન્યુટ્રલાઇઝેશન એસેસ આવશ્યકપણે કરવામાં આવ્યા હતા જેમ આપણે અગાઉ વર્ણવેલ છે12. સંક્ષિપ્તમાં, પ્લાઝ્મા સેમ્પલ (1:4 થી 1:8748) ના સીરીયલ ડિલ્યુશન ડીએમઈએમમાં 10% ફેટલ બોવાઈન સીરમ સાથે તૈયાર કરવામાં આવ્યા હતા અને દરેક સ્યુડોટાઈપ વાયરસના 5 એનજી પી24 સાથે 1 કલાક દરમિયાન 37 ° સે અને પછી, 1×104 દરેક કૂવામાં HEK-ACE2 કોષો ઉમેરવામાં આવ્યા હતા. HEK293T કોષો (ACE2 વ્યક્ત કરતા નથી) જે સ્યુડોટાઇપ વાયરસ (વંશ A) સાથે ઉશ્કેરાયેલા હતા તેનો નકારાત્મક નિયંત્રણ તરીકે ઉપયોગ થતો હતો. કોષોને 48 કલાક પછી લાઇસ કરવામાં આવ્યા હતા, અને ગ્લોમેક્સ 96 માઇક્રોપ્લેટ લ્યુમિનોમીટર (પ્રોમેગા) માં લ્યુસિફેરેસ એસે રીએજન્ટ (પ્રોમેગા) નો ઉપયોગ કરીને ફાયરફ્લાય લ્યુસિફેરેસ પ્રવૃત્તિ માપવામાં આવી હતી. દરેક મંદન માટે તટસ્થતાની ટકાવારીની ગણતરી કરવામાં આવી હતી અને ગ્રાફપેડ પ્રિઝમ સંસ્કરણ 50 નો ઉપયોગ કરીને દરેક નમૂનાના ID9.0.1ની ગણતરી કરવામાં આવી હતી.
આંકડાકીય વિશ્લેષણ
ગ્રાફપેડ પ્રિઝમ સોફ્ટવેર સંસ્કરણ 9.1.2 નો ઉપયોગ કરીને આંકડાકીય વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યા હતા. SARS-CoV-2 સ્યુડોટાઇપ વાઇરસની પેનલ સામે એન્ટિબોડી ટાઇટર્સ (NAbTs) ને નિષ્ક્રિય કરવા માટે બહુવિધ જૂથ સરખામણીઓ તેમજ સેક્સ અને સ્મોક સ્ટેટસ દ્વારા NAbs પ્રતિસાદોની સરખામણી જોડી વિલ્કોક્સન સહી-ક્રમાંકિત પરીક્ષણનો ઉપયોગ કરીને હાથ ધરવામાં આવી હતી. પરિબળ ફેરફારની ગણતરી ID માં ભૌમિતિક સરેરાશ ટાઇટરના તફાવત તરીકે કરવામાં આવી હતી50 વાઇલ્ડ પ્રકારના સ્યુડોટાઇપ વાયરસની સરખામણીમાં. NAbTs અને ઉંમર અથવા BMI વચ્ચેના સહસંબંધનું વિશ્લેષણ સ્પીયરમેનના પરીક્ષણનો ઉપયોગ કરીને હાથ ધરવામાં આવ્યું હતું. ચેપના આંકડાકીય પૃથ્થકરણ માટે વન-વે ANOVA અને Tukey ની બહુવિધ સરખામણી પરીક્ષણ કરવામાં આવ્યું હતું. A p મૂલ્ય ≤0.05 ને આંકડાકીય રીતે મહત્વપૂર્ણ માનવામાં આવતું હતું.
નૈતિક મંજૂરી
અભ્યાસ પ્રોટોકોલ યુનિવર્સિડેડ ડી ચિલી (પ્રોજેક્ટ્સ N° 0361-2021 અને N° 096-2020) અને ક્લિનિકા સાન્ટા મારિયા (પ્રોજેક્ટ N°132604-21) ખાતે મેડિસિન ફેકલ્ટીની એથિક્સ કમિટી દ્વારા મંજૂર કરવામાં આવ્યો હતો. બધા દાતાઓએ જાણકાર સંમતિ પર હસ્તાક્ષર કર્યા, અને તેમના નમૂનાઓ અનામી હતા.
લેમ્બડા વેરિઅન્ટમાં સ્પાઇક પરિવર્તનની અસર ચેપ અને એન્ટિબોડીઝ પ્રતિભાવોને તટસ્થ કરવા પર
3695 જૂન મુજબ GISAID ખાતે જમા ચિલીમાંથી 24 સિક્વન્સનું વિશ્લેષણth 2021 છેલ્લા ત્રિમાસિક હિસાબ દરમિયાન SARS-CoV-2 વેરિઅન્ટ ગામા અને લેમ્બડાનું સ્પષ્ટ વર્ચસ્વ દર્શાવે છે, એકસાથે, તમામ સિક્વન્સના 79% માટે.
રસપ્રદ વાત એ છે કે, આ સમયગાળો એક વિશાળ રસીકરણ ઝુંબેશ દ્વારા દર્શાવવામાં આવ્યો છે જેમાં 65.6 જૂન મુજબ લક્ષ્યાંક વસ્તીના 18% (27 વર્ષ અને તેથી વધુ ઉંમરના વ્યક્તિઓ)એ સંપૂર્ણ રસીકરણ યોજના પ્રાપ્ત કરી છે.th 2021
સંપૂર્ણ સ્કીમ સાથે ઇનોક્યુલેટ કરાયેલા 78.2% લોકોને સિનોવાક બાયોટેક તરફથી નિષ્ક્રિય વાયરસ રસી CoronaVac પ્રાપ્ત થઈ છે તે જોતાં, અમે આ રસી દ્વારા ઉત્પાદિત એન્ટિબોડીઝની તટસ્થ ક્ષમતા પર લેમ્બડા વેરિઅન્ટમાં હાજર સ્પાઇક પરિવર્તનની અસરની તપાસ કરવાનો પ્રયાસ કર્યો.
આ માટે, અમે વુહાન-1 સંદર્ભ વંશ (જંગલી પ્રકાર; વંશ A), D2G મ્યુટેશન (વંશ B), અને આલ્ફા (વંશ B) માંથી સ્પાઇક પ્રોટીન વહન કરતા HIV-1-આધારિત SARS-CoV-614 સ્યુડોટાઇપ વાયરસ પેદા કર્યા છે. .1.1.7), ગામા (વંશ P.1) અને લેમ્બડા (વંશ C.37) ચલો.
વાઇરસની તૈયારી દરમિયાન, અમે સતત અવલોકન કર્યું કે લેમ્બડા સ્પાઇક વહન કરતા સ્યુડોટાઇપ વાયરસથી સંક્રમિત કોષો જ્યારે D614G મ્યુટન્ટ અથવા આલ્ફા અને ગામા વેરિઅન્ટની સરખામણીમાં નોંધપાત્ર ઉચ્ચ બાયોલ્યુમિનેસેન્સ મૂલ્યો ઉત્પન્ન કરે છે જે લેમ્બડા સ્પાઇક પ્રોટીન દ્વારા સંચાલિત વધેલી ચેપીતા દર્શાવે છે.
આકૃતિ 1.વિવિધ સ્પાઇક પ્રોટીન દ્વારા મધ્યસ્થી ચેપ.
(A) SARS-CoV-2 સ્પાઇક પ્રોટીન અને આ અભ્યાસમાં વપરાતા પ્રકારોનું યોજનાકીય રજૂઆત. વંશ કૌંસમાં દર્શાવેલ છે. આરબીડી, રીસેપ્ટર-બંધનકર્તા ડોમેન, સીએમ; સાયટોપ્લાઝમિક પૂંછડી.
(B) HIV-1 p24 ની સમકક્ષ માત્રાનો ઉપયોગ કરીને દરેક વંશના સ્યુડોટાઇપ્સનું ટાઇટ્રેશન. ફાયરફ્લાય લ્યુસિફેરેસ પ્રવૃત્તિને ચેપ પછીના 48 કલાકમાં સંબંધિત લ્યુમિનેસેન્સ યુનિટ્સ (RLU) તરીકે માપવામાં આવી હતી. સરેરાશ અને SD ની ગણતરી પ્રતિનિધિ ત્રિપુટી પ્રયોગમાંથી કરવામાં આવી હતી.
આગળ, અમે ચિલીના સાન્ટિયાગો ખાતે યુનિવર્સિડેડ ડી ચિલી અને ક્લિનિકા સાન્ટા મારિયાના તંદુરસ્ત આરોગ્યસંભાળ કામદારોના 79 પ્લાઝ્મા નમૂનાઓનો ઉપયોગ કરીને તટસ્થતા પરીક્ષણો કરવા માટે ઉપર ઉલ્લેખિત સ્યુડોટાઇપ વાયરસનો ઉપયોગ કર્યો.
અમે 4 નમૂનાઓને બાકાત રાખ્યા કારણ કે અમે ID50 ટાઈટરની ગણતરી કરવામાં સક્ષમ ન હતા. વિશ્લેષિત નમૂનાઓમાંથી, 73% સ્ત્રીઓને અનુરૂપ છે, સરેરાશ વય 34 વર્ષ (IQR 29 – 43) અને 25 (IQR 22.7 – 27) નો બોડી મેક્સ ઇન્ડેક્સ (BMI) છે. 20.5% સહભાગીઓએ સક્રિય ધૂમ્રપાન કરનાર હોવાનું જાહેર કર્યું જ્યારે રસીકરણનો સમયગાળો ચાલ્યો. કોરોનાવેક રસીના બીજા ડોઝ પછી 95 દિવસની મધ્યમાં (IQR 76 – 96) નમૂનાઓ મેળવવામાં આવ્યા હતા
અમે અવલોકન કર્યું છે કે વાઇલ્ડ ટાઇપ સ્પાઇક પ્રોટીન વહન કરતા સ્યુડોટાઇપ વાયરસના તટસ્થીકરણના પરિણામે 50% અવરોધક મંદન (ID50) એટલે કે 191.46 (154.9 – 227.95, 95% CI,), જ્યારે તે 153.92 (115.68 – 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 – 163.2, 95%.104.57, 75.02% CI), સી.આઈ ) અને 134.11 (95 – 78.75, 49.8% CI) અનુક્રમે D107.6G મ્યુટન્ટ અથવા આલ્ફા, ગામા અને લેમ્બડા વેરિઅન્ટમાંથી સ્પાઇક પ્રોટીન વહન કરતા સ્યુડોટાઇપ વાયરસ માટે.
અમે એ પણ અવલોકન કર્યું છે કે ID ના ભૌમિતિક સરેરાશ ટાઇટર50 લેમ્બડા સ્પાઇક વહન કરતા સ્યુડોટાઇપ વાયરસ માટે ટાઇટર્સ 3.05 (2.57 – 3.61, 95% CI) ના પરિબળથી, ગામા સ્પાઇક માટે 2.33 (1.95 – 2.80, 95% CI), 2.03 (1.71, 2.41) આલ્ફા સ્પાઇક માટે અને વાઇલ્ડ ટાઇપ સ્પાઇક સાથે સરખામણી કરવામાં આવે ત્યારે D95G સ્પાઇક માટે 1.37 (1.20 – 1.55, 95% CI).
અમારા અભ્યાસ સમૂહમાં લિંગ, ઉંમર, બોડી-માસ ઇન્ડેક્સ (BMI) અથવા ધૂમ્રપાનની સ્થિતિ અને તટસ્થ એન્ટિબોડી ટાઇટર્સ વચ્ચે કોઈ સંબંધ જોવા મળ્યો નથી.
આકૃતિ 2.CoronaVac રસીઓમાંથી પ્લાઝ્મા નમૂનાઓનો ઉપયોગ કરીને તટસ્થતા પરખ
(A) પારસ્પરિક 50% ન્યુટ્રલાઇઝેશન ટાઇટર (ID50) D75G (વંશ B), આલ્ફા (વંશ B.614) સામે કોરોનાવેક રસીના 1.1.7 પ્રાપ્તકર્તાઓના પ્લાઝ્મા નમૂનાઓમાં,
જંગલી પ્રકારના વાયરસની સરખામણીમાં ગામા (વંશ P.1) અને લેમ્બડા (વંશ C.37) પ્રકારો. મેળ ખાતા નમૂનાઓના નિષ્ક્રિયકરણ ટાઇટર્સમાં તફાવત તરીકે પરિણામો દર્શાવવામાં આવ્યા છે. ID ની સરખામણી માટે P મૂલ્યો50 વિલ્કોક્સન હસ્તાક્ષરિત રેન્ક ટેસ્ટ સાથે ગણવામાં આવે છે.
(B) બોક્સ પ્લોટ ID ની મધ્ય અને ઇન્ટરક્વાર્ટાઇલ રેન્જ (IQR) દર્શાવે છે50 દરેક સ્યુડોટાઇપ વાયરસ માટે. પરિબળ ફેરફારો ID માં ભૌમિતિક સરેરાશ ટાઇટરના તફાવત તરીકે બતાવવામાં આવે છે50 જંગલી પ્રકારના સ્યુડોટાઇપ વાયરસની સરખામણીમાં. આંકડાકીય પૃથ્થકરણો વિલ્કોક્સન મેચ્ડ-પેયર્સ સહી-રેન્ક ટેસ્ટનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવ્યા હતા.
એકસાથે, અમારા ડેટાથી જાણવા મળ્યું કે રસના નવા માન્ય પ્રકાર લેમ્બડાના સ્પાઇક પ્રોટીન, ચિલી અને દક્ષિણ અમેરિકાના દેશોમાં ખૂબ જ ફરતા, પરિવર્તનો વહન કરે છે જે ચેપને વધારે છે અને કોરોનાવેક દ્વારા ઉત્પાદિત એન્ટિબોડીઝને નિષ્ક્રિય કરવાથી બચવાની ક્ષમતા આપે છે.
